— L’Affaire Audin, Minuit, 1958 et 1989.

— La Raison d’État, Minuit, 1962 ; La Découverte, 2002.

— Clisthène l’Athénien (avec Pierre Lévêque), Les Belles Lettres, 1964 ; Macula, 1983 et 1992.

— Le Bordereau d’ensemencement dans l’Égypte ptolémaïque, Fondation égyptologique Reine-Élisabeth, Bruxelles, 1967.

— Journal de la Commune étudiante (avec Alain Schnapp), Le Seuil, 1969 et 1988.

— La Torture dans la République, Minuit, 1972 ; Maspero, 1975 ; La Découverte, 1983 ; Minuit, 1998.

— Économies et Sociétés en Grèce ancienne (avec Michel Austin), Armand Colin, 1972, 7e éd. 1996.

— Mythe et Tragédie en Grèce ancienne (avec Jean-Pierre Vernant), Maspero, 1972 ; rééd. sous le titre Mythe et Tragédie-Un, La Découverte, 1986 et 2005.

— Les Crimes de l’armée française, Maspero, 1975 ; La Découverte, 2001.

— Du bon usage de la trahison, étude publiée en ouverture de Flavius JOSEPHE, La Guerre des Juifs, Minuit, 1977.

— Le Chasseur noir. Formes de pensée et formes de société dans le monde grec, Maspero, 1981 ; La Découverte, 1991, 2005.

— Mythe et Tragédie en Grèce ancienne-Deux, avec Jean-Pierre Vernant, 1986 ; 1995 ; La Découverte, 2001.

— Les Assassins de la mémoire. « Un Eichmann de papier » et autres essais sur le révisionnisme, La Découverte, 1987 ; Le Seuil, coll. « Points Essais », 1995 ; La Découverte, Paris, 2005.

— Atlas historique (sous la direction de), Hachette, 1987 et 1992.

— Face à la raison d’État, La Découverte, 1989.

— La Démocratie grecque vue d’ailleurs. Essais d’historiographie ancienne et moderne, Flammarion, 1990 et 1996.

— Les Juifs, la Mémoire et le Présent, t. I et II, La Découverte, 1991 ; Le Seuil, coll. « Point Essais », 1995 (en un volume).

— La Grèce ancienne (avec Jean-Pierre Vernant), I : Du mythe à la raison, II : L’Espace et le Temps, III : Rites de passage et Transgressions, Le Seuil, 1990-1992.

— Le Trait empoisonné. Réflexions sur l’affaire Jean Moulin, La Découverte, 1993 et 2002.

— Réflexion sur le génocide. Les Juifs, la mémoire et le présent, t. III, La Découverte, 1995 ; 10/18, 2004.

— Mémoires, I : La Brisure et l’Attente, 1930-1955, Le Seuil/La Découverte, 1995.

— Mémoires, II : Le Trouble et la Lumière, 1955-1998, Le Seuil/La Découverte, 1998.

— Les Grecs, les Historiens, la Démocratie. Le grand écart, La Découverte, 2000.

— Le Monde d’Homère, Perrin, 2000 et 2002.

— Fragments sur l’art antique, Noêsis, 2002.

— Le Miroir brisé. Tragédie athénienne et politique, Les Belles Lettres, 2002.

— Le Choix de l’histoire. Pourquoi et comment je suis devenu historien, Arléa, 2004.

— La Guerre des Juifs, Bayard/BNF, 2005.

— L’Atlantide. Petite histoire d’un mythe platonicien, Les Belles Lettres, 2005.